为证明原位杂交实验操作的准确性和实验结果的可靠性，必须设置一系列对照实验。对照实验的设置应根据核酸探针和靶核酸的种类以及现有的可能条件选定。一般应在下述几种对照实验中选择3～4种，以证实杂交结果的可信性。
 
    组织对照

    1．Southern或Northern印迹反应  原位杂交能在组织细胞原位显示待测核酸(DNA或RNA)的存在。为了进一步证实原位杂交所显示的核酸是否存在于被检组织内，可从被检组织中提取DNA或总RNA，然后分别用Southern或Northern印迹法进行检测。一般情况下，Southern或Northern印迹反应结果与原位杂交结果一致，两者互相支持。但是，当阳性细胞在被检的组织中所占比例很小时，原位杂交结果可能为阳性，而印迹反应则由于靶核酸的含量太低而呈阴性结果。

    2．免疫组织化学  如果能获得靶基因产物抗体，可结合免疫组织化学方法，从蛋白质(或多肽)水平在相邻切片或同一切片中证明蛋白 质(或多肽)和相应的mRNA共存于同一细胞中。